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【qPCR】熒光定量PCR的熔解曲線,你了解多少?

來源:杭州柏恒科技有限公司   2025年04月15日 15:57  



熔解曲線探針法是一種利用特異性探針結(jié)合到目標DNA序列上的技術(shù),通過監(jiān)測探針與目標DNA結(jié)合狀態(tài)的溫度依賴性變化,來識別和定量特定的DNA或RNA序列。

這種方法的關(guān)鍵在于探針與目標序列匹配時,其熔解溫度(Tm值)較高;而存在單核苷酸多態(tài)性(SNPs)或其他變異時,Tm值會下降。通過比較不同樣本的熔解曲線,可以精確地識別序列差異。

一、基本原理

熔解曲線探針法的原理

在實時熒光定量PCR(qPCR)實驗中,當雙鏈DNA受熱時,其互補堿基之間的氫鍵逐漸斷裂,導致雙鏈分離成兩條單鏈,這一過程被稱為DNA的“熔解”。隨著溫度的升高,DNA的熒光強度會發(fā)生變化,通過監(jiān)測這種變化,可以繪制出DNA的熔解曲線。探針法熔解曲線分析利用特異性探針結(jié)合到目標DNA序列上,通過對探針與目標DNA結(jié)合狀態(tài)的溫度依賴性檢測,來識別和定量特定的DNA或RNA序列。


二、關(guān)鍵技術(shù)

01熒光探針

TaqMan探針:基于水解作用釋放熒光,用于實時定量PCR。

分子信標:莖環(huán)結(jié)構(gòu)結(jié)合目標后熒光恢復,特異性高。

蝎形探針:整合引物與探針功能,可多靶點檢測。

雙雜交探針:依賴熒光共振能量轉(zhuǎn)移(FRET)實現(xiàn)信號檢測。

構(gòu)成:探針通常由三部分組成

(1)熒光基團:如FAM、VIC等,用于發(fā)射熒光信號。

(2)淬滅基團:如TAMRA、BHQ等,用于淬滅熒光信號。

(3)特異性序列:與目標DNA序列互補結(jié)合。

作用機制:探針與目標序列結(jié)合時,熒光基團與淬滅基團分離,釋放熒光信號;當探針與目標序列解離時,熒光信號減弱或消失。


02PCR擴增

引物設計:設計特異性引物,確保目標序列的高效擴增。

探針加入:在PCR反應體系中加入熒光探針,實時監(jiān)測熒光信號的變化。


03熔解曲線分析

溫度梯度:PCR完成后,逐步升溫(通常從60°C升至95°C),使DNA雙鏈和探針-目標復合物解離。

熒光監(jiān)測:實時監(jiān)測熒光信號的變化,記錄熒光強度隨溫度的變化曲線。


Tm值:探針與目標序列的解離溫度(Tm)取決于序列的匹配程度,匹配與錯配的Tm值不同。


三、技術(shù)流程

探針設計:設計特異性探針,確保其與目標序列匹配。

PCR擴增:將探針、引物、模板DNA和熒光染料加入反應體系,進行PCR擴增。

熔解曲線分析:PCR完成后,逐步升溫,實時監(jiān)測熒光信號的變化。

數(shù)據(jù)分析:根據(jù)熔解曲線的峰值(Tm值)判斷目標序列的特性。


四、技術(shù)特點

特異性高:探針法熔解曲線分析利用特異性探針結(jié)合到目標DNA序列上,通過監(jiān)測探針與目標DNA結(jié)合狀態(tài)的溫度依賴性變化,能夠精確識別和定量特定的DNA或RNA序列。當探針與目標序列匹配時,熔解溫度(Tm值)較高;如果存在單核苷酸多態(tài)性(SNPs)或其他變異,Tm值會下降,從而可以精確識別序列差異。

靈敏度高:探針法熔解曲線技術(shù)能夠檢測到非常低的DNA濃度變化,適用于微量樣本的檢測。通過監(jiān)測熒光信號的變化,可以實現(xiàn)對目標序列的靈敏檢測。

操作簡便:相比其他分子生物學技術(shù),探針法熔解曲線技術(shù)的操作相對簡便。實驗者只需在PCR反應結(jié)束后進行DNA雙鏈產(chǎn)物升溫解鏈反應,監(jiān)測熒光信號的變化即可繪制出熔解曲線。

應用廣泛:該技術(shù)廣泛應用于基因分型、SNP檢測、病原體鑒定等領域。通過比較不同樣本的熔解曲線,可以精確地識別出序列差異,為遺傳學研究和臨床診斷提供重要依據(jù)。

峰型倒置現(xiàn)象:在探針法熔解曲線中,有時會出現(xiàn)峰型倒置現(xiàn)象,即在某個溫度點后熒光信號反而增強。這種現(xiàn)象可能是由于探針解離動力學、非特異性產(chǎn)物、引物二聚體、探針設計問題或熒光染料特性等因素引起的。雖然這種現(xiàn)象可能指示實驗中的非特異性事件,但也可以通過合理設計和優(yōu)化實驗條件來避免或解釋這種現(xiàn)象。


五、應用領域


基因分型:用于檢測SNP、插入/缺失等遺傳變異。

突變檢測:識別點突變、基因重排等。

病原體鑒定:快速檢測病毒、細菌等病原體的特異性序列。

腫瘤標志物檢測:用于腫瘤相關(guān)基因突變的篩查。

藥物基因組學:研究藥物代謝相關(guān)基因的多態(tài)性。



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