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上海牧榮生物科技有限公司

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如何選擇最佳的 qPCR 探針化學(xué)試劑

閱讀:359      發(fā)布時間:2025-3-28
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讓應(yīng)用程序成為您在 LNA、MGB 和 BHQplus 之間做出決定的指南 

qPCR 探針的多種不同填料為科學(xué)家在檢測開發(fā)過程中提供了豐富的選擇。鎖定核酸 (LNA)、小溝結(jié)合物 (MGB) 和 BHQplus™ 探針均可增強(qiáng)雙鏈體穩(wěn)定性,這有助于您的檢測獲得高信噪比,同時保持寡核苷酸長度相當(dāng)緊湊。它們還能夠更好地適應(yīng)具有挑戰(zhàn)性的靶標(biāo),如富含 A-T 的序列。但每種探針類型的化學(xué)性質(zhì)意味著您將獲得最佳的檢測性能 – 信噪比、檢測限 (LOD) 。– 當(dāng)您將探頭類型與應(yīng)用程序匹配時。

 

MGB 探針適用于檢測 SNP 和困難的基因表達(dá)靶標(biāo)

 

什么是 MGB 探頭?

MGB 探針的長度通常為 8-30 個堿基,5' 端有一個熒光團(tuán),3' 端有一個淬滅基團(tuán)。3' 末端也連接到一個化學(xué)部分 - MGB - 該化學(xué)部分與雙鏈 DNA 的小溝非共價(jià)結(jié)合。

MGB 探針如何工作?

使用 MGB 探針時,MGB 與探針-靶結(jié)構(gòu)的小溝的結(jié)合增強(qiáng)了雙鏈體的穩(wěn)定性。

 

MGB_probe_with_EDQ_illustration

 

 

 

 

圖 1.MGB 探針是雙標(biāo)記的 5′ 水解探針,由 5′ 熒光報(bào)告染料和 3′ Eclipse 暗淬滅基團(tuán) (EDQ) 組成,與 MGB 部分偶聯(lián)。

 

MGB 探針適合哪些應(yīng)用?什么時候應(yīng)該使用 MGB 探頭?

由于 MGB 附著在寡核苷酸的末端,因此易于設(shè)計(jì) - 只需使用與目標(biāo)區(qū)域互補(bǔ)的寡核苷酸序列即可。這使得 MGB 探針成為檢測 SNP 和困難的基因表達(dá)靶標(biāo)(例如富含 A-T 含量的序列)的理想選擇。

然而,雖然設(shè)計(jì)可能很簡單,但熔融溫度 (Tm) 無法進(jìn)行微調(diào)。

LNA 探針是需要高特異性和靈敏度的應(yīng)用的理想選擇

 

什么是 LNA?

LNA,也稱為橋式核酸,是經(jīng)過修飾的堿基,其中糖的 2' 氧和 4' 碳與亞甲基橋共價(jià)連接。

一個

Unmodified DNA

B

Locked nucleid acid - LNA

 

圖 2.A) 未修飾的核苷酸和 B) 鎖定的核酸修飾的示意圖。

 

含有 LNA 的探針如何工作?

當(dāng)使用一個或多個 LNA 代替未修飾的單體時,探針-靶標(biāo)雙鏈體的穩(wěn)定性得到增強(qiáng)。

雙工穩(wěn)定化的量取決于許多因素,包括使用的 LNA 數(shù)量以及 LNA 在探針中的位置。因此,您可以微調(diào) LNA 探針的設(shè)計(jì),以達(dá)到所需的特異性和穩(wěn)定性水平。

 

LNA 探針適合哪些應(yīng)用?什么時候應(yīng)該使用 LNA 探頭?

雖然設(shè)計(jì)比 MGB 探頭稍微復(fù)雜一些,并且需要迭代測試以微調(diào)性能和 Tm,LNA 探針可以提供更好的特異性和對非靶序列的區(qū)分度。

它們非常適合需要高特異性的應(yīng)用。

 

 

對用于 SYBR Green 檢測的 LNA 增強(qiáng)引物感興趣?除了提供 LNA 探針外,Biosearch Technologies 還合成具有內(nèi)部 LNA 修飾的定制寡核苷酸。

BHQplus 探針是需要高特異性和靈敏度的應(yīng)用的替代選擇

 

什么是 BHQplus 探頭?

與 LNA 探針一樣,BHQplus 探針利用化學(xué)修飾的單體來增強(qiáng)探針-靶標(biāo)雙鏈體的穩(wěn)定性和特異性。

然而,BHQplus 探針中使用的專有化學(xué)成分與 LNA 不同,這為科學(xué)家提供了另一種探針化學(xué)選擇。

 

BHQplus 探頭的工作原理是什么?

單個 BHQplus 單體的化學(xué)修飾可穩(wěn)定探針-靶標(biāo)雙鏈體。這使您可以設(shè)計(jì)更短的探針,與用未修飾的單體制成的探針相比,具有更高的靈敏度和特異性。


BHQplus_probe

圖 3.BHQplus 探針使用修飾的核苷酸來增強(qiáng)穩(wěn)定性。它們被設(shè)計(jì)得更短(15-25 個堿基),以增強(qiáng)特異性并改善錯配鑒別。

 

BHQplus 探頭適合哪些應(yīng)用?什么時候應(yīng)該使用 BHQplus 探頭?

與 LNA 探針一樣,BHQplus 探針非常適合需要高靈敏度和特異性的應(yīng)用。它們?yōu)?LNA 探頭技術(shù)提供了一種更易于設(shè)計(jì)且價(jià)格更具競爭力的替代方案,當(dāng)您不需要微調(diào)探頭性能時,它是一個不錯的選擇。

在探針化學(xué)的選擇中進(jìn)行選擇

雖然我們已經(jīng)強(qiáng)調(diào)了使每種探針化學(xué)成分大放異彩的具體優(yōu)勢,但其中有很多重疊,您可能希望在檢測開發(fā)過程中試用每種類型的探針。



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