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上海牧榮生物科技有限公司

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xGen™ cfDNA & FFPE DNA 文庫制備試劑盒產(chǎn)品詳情

閱讀:842      發(fā)布時(shí)間:2024-3-8
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應(yīng)用

xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備機(jī)械剪切試劑盒 v2 可制備適用于使用降解樣本的多類研究應(yīng)用的二代測序 (NGS) 文庫,這些應(yīng)用包括:

  • 低頻體細(xì)胞變異 SNP 識別

  • 插入/缺失 (insertions/deletion, indel)

  • 識別遺傳種系 SNP 和 indel

  • 全基因組測序 (WGS)

xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備實(shí)驗(yàn)方案需要大約 4 個(gè)小時(shí),僅包括四個(gè)主要步驟,充分減少了樣本處理操作(圖 1):

  • 末端修復(fù)。 末端修復(fù)酶混合物將 cfDNA 或剪切過的起始 DNA(如 FFPE DNA)轉(zhuǎn)化為可用于連接的平末端 DNA。

  • 連接 1。 在連接 1 酶的催化作用下,將連接 1 接頭單鏈添加到剪切 DNA 片段的 3' 端。這種新型酶不能將插入片段連接起來,可充分減少嵌合體的形成。連接 1 接頭的 3' 端還含有一個(gè)封閉基團(tuán),以防止形成接頭二聚體。

  • 連接 2。 連接 2 接頭充當(dāng)引物,與連接 1 接頭互補(bǔ),填充堿基間隙,然后連接到 DNA 插入片段的 5′ 端,以形成雙鏈產(chǎn)物。

  • PCR 擴(kuò)增。 包含 xGen 2x HiFi PCR 混合液,用于執(zhí)行加標(biāo)簽 PCR(引物單獨(dú)出售),以便于進(jìn)行 Illumina® 測序。

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圖 1. xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備 v2 機(jī)械剪切試劑盒工作流程。 在第一步中,末端修復(fù)酶將 cfDNA 或剪切過的起始 DNA 轉(zhuǎn)化為可用于連接的平末端 DNA。然后,在連接 1 酶的催化作用下,將連接 1 接頭單鏈添加到 DNA 插入片段的 3′ 端。這種新型酶不能將插入片段連接起來,可充分減少嵌合體的形成。連接 1 接頭的 3' 端還含有一個(gè)封閉基團(tuán),以防止形成接頭二聚體。連接 2 接頭充當(dāng)引物,與連接 1 接頭互補(bǔ),填充堿基間隙,然后連接到 DNA 插入片段的 5′ 端,形成雙鏈產(chǎn)物。在最后一步中,通過 IDT 2x HiFi PCR 混合液進(jìn)行 PCR,在片段上加上樣本標(biāo)簽序列,以便在 Illumina® 平臺(tái)上測序。

技術(shù)詳情

xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備 v2 機(jī)械剪切試劑盒包括末端修復(fù)、連接 1 和連接 2 反應(yīng)以及 PCR 所需的所有試劑。

表 1. 規(guī)格參數(shù)、更多試劑和設(shè)備。

功能詳情
樣本類型高品質(zhì) DNA、cfDNA、來自 FFPE 樣本的 DNA
起始量范圍1–250 ng
接頭包含
標(biāo)簽引物(不包含)xGen UDI 引物*
PCR 擴(kuò)增試劑xGen 2x HiFi PCR 混合液,包含
兼容的測序平臺(tái)Illumina® 測序儀
兼容的雜交捕獲封閉序列xGen Universal Blockers—TS Mix

雜交捕獲研究實(shí)驗(yàn)的完整流程

xGen cfDNA & FFPE DNA 文庫制備 v2 機(jī)械剪切試劑盒經(jīng)過優(yōu)化,可與 xGen 雜交捕獲探針和試劑無縫配合使用(圖 2)。無論您的項(xiàng)目需要全外顯子組測序還是定制探針組,IDT 均可提供適合您的捕獲解決方案。

圖 2. 雜交捕獲和測序研究工作流程概覽。


Syntezza Bioscience 成立于 2003 年,專注于在以色列提供先進(jìn)的分子生物學(xué)產(chǎn)品和測序服務(wù),我們是以色列的供應(yīng)商。 Syntezza 為學(xué)術(shù)和政府研究機(jī)構(gòu)、醫(yī)院和 HMO 以及制藥、農(nóng)業(yè)、環(huán)境、生物技術(shù)和醫(yī)療診斷行業(yè)的企業(yè)客戶提供服務(wù)。Syntezza經(jīng)銷IDT-Integrated DNA Technologies全系列DNA、RNA和CRISPR產(chǎn)品,IDT和MGI的NGS Library Prep試劑盒,GRiSP的研究試劑,BioBasic的定制基因和肽,BioBasic的定制mRNA和庫存產(chǎn)品TriLink、GenTegra 的 DNA 和 RNA 穩(wěn)定試劑盒以及內(nèi)部開發(fā)的研究試劑。





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