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Q Exactive HF DIA實現(xiàn)高通量 酵母蛋白質(zhì)組定量

閱讀:553          發(fā)布時間:2019-4-14
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數(shù)據(jù)非依賴性的掃描模式(data-independent acquisition, DIA)是近幾年來發(fā)展的一種新的質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集方式(1)。 DIA 掃描模式中,利用超高分辨質(zhì)譜對特定質(zhì)量范圍內(nèi)的 所有母離子進行碎裂,采集所有母離子的碎片離子,并依 次快速地掃描相鄰的母離子窗口內(nèi)的所有碎片離子。DIA 的數(shù)據(jù)中包含了所有碎片離子的保留時間和強度信息。因 此,可以用非常小的質(zhì)量偏差窗口(如 10 ppm)目標性 地抽提同一肽段的多個子離子,計算子離子的強度,就能 對該肽段進行鑒定和定量。相比傳統(tǒng)的基于母離子強度的 DDA 定量,DIA 定量具有選擇性好和定量準確等優(yōu)點,因 此 DIA 成為定量蛋白組學新的熱門發(fā)展方向(2)。

 

賽默飛Q Exactive HF 是賽默飛世爾科技在 2014 年的 ASMS 上 推出的全新靜電場軌道阱超高分辨質(zhì)譜儀(3, 4)。Q Exactive HF 采用了分段式四級桿技術(Advanced Quadrupole Technology,AQT)使離子傳輸效率至少提高了 2 倍;超 高場 Orbitrap 技術,提高了 Orbitrap 掃描速度,在 15000 分辨率時,二級譜圖的掃描速度是 20 Hz。這兩項技術提 高了 Q Exactive HF 進行 DDA 和 DIA 數(shù)據(jù)的采集能力。 本文用 Q Exactive HF 質(zhì)譜,90 min 色譜梯度對酵母蛋白 質(zhì)組進行 DIA 定量分析,考察 Q Exacive HF DIA 定量的 能力。

 

 

實驗材料和方法
兩種狀態(tài)的酵母(A,B),樣品中加入iRT 肽段用于保留 時間校正,分別取 1 µg 進行 DDA 和 DIA 數(shù)據(jù)采集,DDA 用于建立譜圖庫,DIA 用于定量,每種采集模式重復 3 遍。

 

 

液相色譜分離 
液相色譜儀:Thermo Scientific Easy-nLC 1000;色譜柱: analytical column(C18,3 µm,100Å,75 µm x 15 cm); 流 動 相:A:0.1% Formic acid in water;B:0.1% Formic acid in Acetonitrile; 梯 度: 3% - 10% B in 5 min, 10% - 30% B in 76 min,30%-90% B in 5 min, 90% - 90% B in 4 min;流速:300 nL/min

 

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