高內(nèi)涵表型分析越來越廣泛應用于許多的研究領域，包括基因功能研究、藥物研發(fā)和毒理學。這種方法的優(yōu)點是非?？陀^的從單細水平獲取多維的信息，能夠對單個細胞的狀態(tài)進行分析和描述，并與總體分析數(shù)據(jù)進行比較。而許多傳統(tǒng)的表型分析則是在要研究的通路中，只主觀選取少數(shù)幾個重要的指標來分析 1。 因此，在傳統(tǒng)的表型分析中，大多數(shù)因實驗處理導致的生物相關的變化容易被忽略掉。
一個細胞的表型分析是由成千上萬個表征細胞狀態(tài)的可量化指標組成的。這些指標包含從生物標識物表達、結構和分布抽提出來的信息。通常，這些標記是細胞器特異性識別的，并提供有關其結構、空間上與其他亞細胞結構的關系的信息。這些細胞的分類信息能夠在研究化合物、小分子物質或基因擾動時提供客戶有效的分析依據(jù)。具有相似作用機制的化合物 (MOA) 常常導致相似的細胞形態(tài)變化。因此，表型譜之間的比較可以為新化合物的 MOA 提供依據(jù) 3。同樣地，同一途徑中的遺傳干擾常常導致相似的表型譜，這說明表型譜可用于高通量功能基因組學研究 7。