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高起始量帶分子標(biāo)簽的DNA-Seq分析
閱讀：1744發(fā)布時間：2020-11-10
| 高起始量帶分子標(biāo)簽的DNA-Seq分析 |
| ThruPLEX® Tag-Seq HV |
| · 更可靠的DNA-Seq分析：文庫中整合了離散且均衡的分子標(biāo)簽（UMIs），提供更可靠的數(shù)據(jù)表現(xiàn)！ · 兼容更高起始量的多種樣本：5至200 ng FFPE DNA、cfDNA起始，30 μl建庫體積，無需濃縮樣本！ · 刪繁就簡：單管三步操作流程，2 h內(nèi)完成illumina文庫構(gòu)建！ · 一致高效：無畏起始量差異，高實(shí)驗重復(fù)性、更均一的文庫覆蓋度，高GC含量區(qū)域偏差更小！ · 更適合于稀有突變分析，減少擴(kuò)增誤差及測序錯誤！ |
| ■ 產(chǎn)品說明 |
| 目前，將NGS用于正確檢測低頻突變的關(guān)注度逐漸上升。各領(lǐng)域科研人員正在突破稀有突變檢測靈敏度與特異性的瓶頸，而這些問題主要是由樣品準(zhǔn)備、擴(kuò)增偏差及測序錯誤所引起的。而向illumina文庫添加*的分子標(biāo)簽（Unique Molecular Identifiers, UMIs）與*的雙端index(Unique Dual Indexes, UDIs)，能有效改善稀有突變檢測的準(zhǔn)確性。出于文庫制備與測序質(zhì)量直接相關(guān)的考慮，我們特別優(yōu)化推出了接頭上帶UMIs及整合UDIs的全新產(chǎn)品——ThruPLEX Tag-Seq HV試劑盒。該產(chǎn)品保留了單管流程、操作簡便的特點(diǎn)，支持5至200 ng input DNA起始用于稀有變異分析！ |
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| 正確的樣本數(shù)據(jù)回溯、更小的手動操作誤差，科研人員再不用擔(dān)心珍貴樣本損失了！ |
| ■ 來自UMIs的“助攻” |
| ThruPLEX Tag-Seq HV在莖環(huán)形接頭上引入了離散的UMIs，文庫中每個DNA分子有144種可能的標(biāo)簽組合，漢明間距超過6，具有高度的差異性。我們特別設(shè)計了UMI序列，以使序列顏色分布達(dá)到平衡，在illumina平臺上能獲得更好的測序數(shù)據(jù)。我們也謹(jǐn)慎調(diào)整了各UMI接頭的濃度，以使144種序列組合在各種DNA起始量都能均勻展現(xiàn)，減少偏差。 |
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| 由7位堿基所組成的UMIs位于reads的開始位置，能夠”Tag”到DNA模板上，用于識別一致序列，減少擴(kuò)增或者測序錯誤帶來的假陽性突變。 |
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| 這種特別優(yōu)化的UMIs設(shè)計，確保了更簡便的樣本demultiplexing過程，分析更容易！ |
| ■ “抓住”游離DNA，“揪出”稀有突變 |
| 游離DNA（cfDNA）是由細(xì)胞凋亡后所釋放，游離于體液中的DNA小片段。對cfDNA的測序分析具有較大難度，特別是涉及腫瘤學(xué)研究中的稀有突變分析時。 Takara科學(xué)家采用ThruPLEX Tag-Seq HV對10 ng起始的Quan-Plex Patient-Like ctDNA標(biāo)準(zhǔn)品（AccuRef）構(gòu)建文庫，該ctDNA(循環(huán)腫瘤DNA)標(biāo)準(zhǔn)品帶有一系列特征化的不同頻率（0%，1%，5%）突變位點(diǎn)。文庫構(gòu)建完成后，腫瘤相關(guān)的基因采用IDT xGEN Pan Cancer Panel進(jìn)行捕獲富集。結(jié)果顯示目標(biāo)區(qū)域的捕獲高效可靠，10 ng起始的DNA樣本約有79%的reads來自或者接近目標(biāo)區(qū)域。 |
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| 上表數(shù)據(jù)顯示，由坐標(biāo)法或UMIs去除重復(fù)reads后的目標(biāo)區(qū)域平均覆蓋度是相似的，與Picard MarkedDuplicates所報道的PCR duplication結(jié)果一致。 隨后，Takara科學(xué)家用UMIs鑒定了ctDNA標(biāo)準(zhǔn)品中特定位點(diǎn)的實(shí)際突變頻率，結(jié)果顯示，檢測到的突變頻率分別與預(yù)期1%、5%的等位突變頻率接近，而陰性對照組沒有在位點(diǎn)處檢測到任何突變。 |
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| 如果采用未去重的文件或僅用坐標(biāo)法去重的文件，會檢測出大量的超過0.5%等位基因頻率的不一致突變。而UMIs引入、校正后，相應(yīng)突變體的數(shù)量變少了，結(jié)果的正確性進(jìn)一步提升，顯示出UMIs在降低擴(kuò)增及測序錯誤上的重要作用。 |
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| 更具代表性的是，使用未去重或者僅用坐標(biāo)法去重的文件分析，在預(yù)期的EGFR L858R突變附近觀察到大量的低頻及隨機(jī)等位基因頻率突變。而用UMI校正、過濾后的一致性序列reads，清除了假陽性突變，得到了預(yù)期的突變分析結(jié)果！ |
訂購信息： 品牌 Code No. 產(chǎn)品名稱 包裝量 Clontech R400742 ThruPLEX® Tag-Seq HV 24 Rxns Clontech R400743 ThruPLEX® Tag-Seq HV 96 Rxns Clontech R400735 ThruPLEX® Tag-Seq HV Core Components 96Rxns Clontech R400734 ThruPLEX® Tag-Seq HV Core Components 24Rxns Clontech R400739 ThruPLEX® HV UDI 1-24 24 Rxns Clontech R400738 ThruPLEX® HV UDI Set A 96 Rxns |
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