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當ThruPLEX技術(shù)遇上FFPE樣本，會帶來怎樣的“*操作”！
閱讀：1546發(fā)布時間：2020-10-12
Formalin Fixed and Paraffin Embedded
FFPE樣本作為生物和醫(yī)學領(lǐng)域的重要樣本來源，廣受研究者的青睞。由于樣本固定和儲存過程中，容易發(fā)生核酸的降解和損傷，因此獲得符合測序質(zhì)量要求的文庫通常很具有挑戰(zhàn)性。那么面對做DNA-Seq的FFPE樣本，應(yīng)該如何應(yīng)對呢？
“想要隨心所欲的進行FFPE-DNA樣本文庫構(gòu)建”，
這個神器值得擁有
?
【SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit】
“飛一般感覺”的操作
FFPE樣本珍貴，擔心在文庫制備時損失？選擇它吧。
該試劑盒利用ThruPLEX技術(shù)，通過使用特殊的莖環(huán)形接頭，實現(xiàn)了更加簡潔高效的實驗流程和更短時間的手動操作。從起始DNA樣本到可用于上機測序的文庫僅需要三步2小時的操作。特別需要說明的是，整個操作是在一個反應(yīng)管中即可完成，中間不需要純化，能很大程度的減少樣本的污染和損失！
技術(shù)概要：
(圖片來源于Takara Bio Inc.)
“*”的文庫質(zhì)量
FFPE樣本降解嚴重，害怕不能得到高質(zhì)量文庫？選擇它吧。
Takara嚴謹?shù)臄?shù)據(jù)評測：使用100 ng的FFPE-DNA樣品，分別使用本試劑盒、A公司試劑盒和B公司試劑盒制備文庫，然后使用Illumina NextSeq 500（2×76bp）測序分析。相比于其他公司試劑盒，以FFPE樣品起始時，使用本試劑盒可以獲得多樣性更好的文庫。另外，使用本試劑盒制備的文庫，在不同GC含量范圍內(nèi)可以產(chǎn)生更均勻的覆蓋分布。
(數(shù)據(jù)來源于Takara Bio Inc.)
“經(jīng)得起檢驗”-文獻引用加持
說得好不如做得好，應(yīng)用文獻的真實反饋可供參考，選擇它吧。
2018年7月20日發(fā)表在《npj Genomic Medicine》題為Recurrent loss of heterozygosity correlates with clinical outcome in pancreatic neuroendocrine cancer的文章。本研究利用全基因組測序技術(shù)（WGS）分析了胰腺神經(jīng)內(nèi)分泌瘤的拷貝數(shù)變異情況，結(jié)果表明，胰腺神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤的染色體雜合性的缺失與臨床預(yù)后相關(guān)。實驗以3-50 ng的微量FFPE-DNA樣本起始，使用ThruPLEX-FD Kit（現(xiàn)為ThruPLEX DNA-Seq Kit）制備文庫，并通過WGS與微陣列結(jié)果來驗證拷貝數(shù)變異（CNV）。
以上內(nèi)容都佐證了以降解樣本起始時，使用該試劑盒可以得到高品質(zhì)的文庫！
所以，恰好您要用FFPE樣本進行基因組分析，恰好我有SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit。世間好物雖多，但它值得嘗試！
重慶市華雅干細胞技術(shù)有限公司擁有TAKARA授權(quán)Clontech品牌代理，正品現(xiàn)貨，歡迎咨詢！
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