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Octet®國(guó)內(nèi)文獻(xiàn)盤點(diǎn):小分子應(yīng)用再奪冠

閱讀:264      發(fā)布時(shí)間:2024-8-7
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Octet® 非標(biāo)記分子互作分析系統(tǒng)采用實(shí)時(shí)的非標(biāo)記分析技術(shù),用于測(cè)定親和力、動(dòng)力學(xué)和抗體/蛋白質(zhì)定量。這種無流路的儀器平臺(tái)基于生物層干涉(BLI)技術(shù)而設(shè)計(jì),與傳統(tǒng)的非標(biāo)記技術(shù)相比,具有眾多優(yōu)勢(shì)。


2024年上半年(截至6月30日在線發(fā)表)的國(guó)內(nèi)論文中,使用賽多利斯Octet® 數(shù)據(jù)的國(guó)內(nèi)論文呈現(xiàn)井噴狀態(tài)。陳老師統(tǒng)計(jì)了2024年上半年約200篇國(guó)內(nèi)論文(預(yù)計(jì)總數(shù)超過200篇),這些文章分布于130個(gè)單位, 詳細(xì)列表在文末哦~老規(guī)矩,讓我們先按照單位和應(yīng)用進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。

 

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圖1. 2024上半年Octet® 文章第一作者單位分布

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圖2. 2024H1 Octet® 文章應(yīng)用分布

中國(guó)藥科大學(xué)、北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院、南京大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)、浙江大學(xué)和中山大學(xué)等單位發(fā)表的文章均在4篇以上。其中,中國(guó)藥科大學(xué)論文數(shù)達(dá)到了10篇。這表明,Octet® 因其操作簡(jiǎn)單、成本低、數(shù)據(jù)準(zhǔn)確和儀器穩(wěn)定性好等優(yōu)點(diǎn),可以幫助科學(xué)家快速取得科研成果。

從應(yīng)用方向上看,依舊涉及到多個(gè)方向。其中小分子的應(yīng)用超過蛋白和抗體應(yīng)用的文章數(shù)量,牢牢占據(jù)應(yīng)用方向榜首!BLI技術(shù)對(duì)溶劑(DMSO)不敏感,假陽(yáng)性低,高靈敏度等優(yōu)點(diǎn)可以幫助研究人更快,更高質(zhì)量的獲得了小分子檢測(cè)的結(jié)果。

 

今天,我們就來挑選幾篇代表性文章來一一解讀:

 

浙江大學(xué)

細(xì)胞與分子互作[1]

 

全球氣候變化伴隨著二氧化碳(CO2)富集和高溫(HT)脅迫。研究發(fā)現(xiàn),番茄外源質(zhì)外糖 (Glc)處理增強(qiáng)了番茄在環(huán)境CO2條件下對(duì)HT脅迫的恢復(fù)力?;诩?xì)胞的生物層干涉法(Octet® )、亞細(xì)胞定位和分裂熒光素酶測(cè)定表明,Glc 與番茄 G 蛋白信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo) 1 (RGS1) 調(diào)節(jié)因子結(jié)合并誘導(dǎo) RGS1 內(nèi)吞作用,從而以濃度依賴性方式誘導(dǎo) RGS1-G 蛋白α亞基 (GPA1) 解離,這是 CO2-Glc 誘導(dǎo)的耐熱性升高所必需的。這些信息增強(qiáng)了對(duì)Glc-G蛋白信號(hào)傳導(dǎo)功能在應(yīng)對(duì)全球氣候變化的脅迫恢復(fù)力中的理解,并將有助于開發(fā)植物恢復(fù)力的基因工程方法。

 

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圖3. 將原生質(zhì)體固化在Octet® 傳感器上,結(jié)合各種單糖,發(fā)現(xiàn)表達(dá)RGS1的細(xì)胞主要結(jié)合葡萄糖,但是將RGS1突變后,與葡萄糖結(jié)合變?nèi)?/p>

 

Octet® 因?yàn)榻爰醋x的方法,更適合檢測(cè)比較大的分析物,比較細(xì)胞。

 

西湖大學(xué)

血清抗體濃度測(cè)定[2]

 

第三劑滅活新型冠狀病毒疫苗的抗體反應(yīng)對(duì)疫苗的保護(hù)作用至關(guān)重要。西湖大學(xué)工學(xué)院對(duì)接種疫苗的15人的九個(gè)月里七個(gè)時(shí)間點(diǎn)進(jìn)行了微量取樣和靜脈穿刺取樣,并建立了基于Octet® 的光纖生物層干涉法測(cè)量(FO-BLI)來測(cè)試血清中的中和抗體,可以在幾分鐘內(nèi)完成測(cè)試。研究結(jié)果揭示發(fā)現(xiàn)在第三次給藥后,野生型變體的血清NAb水平在7天后增加了2.9倍,在一個(gè)月內(nèi)增加了3.3倍,隨后下降,并在三個(gè)月后變得不可檢測(cè)。針對(duì)原始株與變異株的中和能力檢測(cè), FO-BLI與假病毒中和試驗(yàn)高度相關(guān)(Pearson 相關(guān)系數(shù)為0.983)?;贔O-BLI的濃度測(cè)試因?yàn)槠淇焖?,并且與功能性匹配,有潛力在疾病預(yù)防和疫苗開發(fā)中有著更大的應(yīng)用。

 

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圖4. A圖:Octet® 建立血清中和抗體的檢測(cè)方法,將受體ACE2結(jié)合在傳感器上,與HRP偶聯(lián)的不同病毒株的RBD和血清的混合物孵育,然后用底物放大信號(hào);B圖:這種方法測(cè)試的標(biāo)準(zhǔn)抗體的靈敏度可以達(dá)到20ng/mL;

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D圖:FO-BLI的檢測(cè)結(jié)果與病毒中和實(shí)驗(yàn)PVNT(IC50)有良好的相關(guān)性

 

使用生物層干涉技術(shù),可以快速建立濃度檢測(cè)方法。

 

浙江工業(yè)大學(xué)
/ 北大醫(yī)學(xué)院

分子垂釣[3]

 

研究者建立了一種基于Octet® 的垂釣技術(shù),研究人員將GNAS蛋白固化至SA傳感器表面,再與中藥參芪降糖顆粒(SJG)提取物結(jié)合,隨后提取物被解離至洗脫液中,將洗脫液使用UHPLC-Q/TOF-MS/MS分析GNAS垂釣出的小分子。通過垂釣組與對(duì)照組的相對(duì)含量變化篩選26個(gè)小分子可能與GNAS有相互作用。其中7個(gè)化合物用Octet® 進(jìn)一步驗(yàn)證,并顯示出強(qiáng)的結(jié)合活性,均是SJG的主要成分。其中,黃芪中的Formononetin、高麗參的三七皂苷Ft1和人參皂苷中的甲素人參F2為“君“、地黃中的Catapol為“臣”,五味子中的五味子素A和茜草中的沒食子酸為“佐使”,符合中醫(yī)配伍“君臣佐使“原則。

 

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圖5. Octet® 驗(yàn)證小分子和GNAS的結(jié)合


非流路設(shè)計(jì)可以多次垂釣富集豐度低結(jié)合弱的小分子,提高垂釣的成功率。

 

中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院
基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所

脂肪肝新靶點(diǎn)[4]

 

肝細(xì)胞對(duì)預(yù)防非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)和其他慢性代謝性疾病具有重要意義。中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所黃波團(tuán)隊(duì)研究發(fā)現(xiàn),糖原合成使用其中間代謝物尿苷二磷酸葡萄糖(UDPG)來拮抗脂肪生成,從而引導(dǎo)小鼠和人肝細(xì)胞將葡萄糖碳儲(chǔ)存為糖原。在這項(xiàng)機(jī)制研究中,發(fā)現(xiàn)UDPG通過SLC35F5轉(zhuǎn)運(yùn)進(jìn)入高爾基體后,誘導(dǎo)site-1蛋白酶S1P的泛素化降解,從而阻斷活性形式SREBP1c的生成,最終抑制脂肪酸的合成。通過Octet® 非標(biāo)記分子互作系統(tǒng)對(duì)小鼠和人的脂肪酸合成過程中關(guān)鍵酶(S1P)與UDPG結(jié)合這一重要步驟進(jìn)行了驗(yàn)證,并提供了結(jié)合的直觀證據(jù)。

 

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圖6. 通過SA傳感器固化小鼠(a)和人(b)的S1P蛋白分別與不同濃度UDPG結(jié)合解離曲線

 

原文大量pulldown以及CO-IP數(shù)據(jù),但作者仍選擇用Octet® 非標(biāo)記互作系統(tǒng)來證明S1P與UDPG直接相互作用,可見Direct Binding是趨勢(shì)。

 

Octet®分子互作分析系統(tǒng)的優(yōu)勢(shì)在于

非標(biāo)記Direct Binding是趨勢(shì),結(jié)果更準(zhǔn)確

快速測(cè)定親和力,更加定量化地表征分子互作

無洗滌步驟,可測(cè)弱親和力(解離快)

寫入了美國(guó)藥典,文章多,認(rèn)可度廣

萬金油技術(shù),可以用與檢測(cè)DNA,小分子,蛋白質(zhì)等各種生物分子

多種實(shí)驗(yàn)方案,除了直接測(cè)試,還有競(jìng)爭(zhēng)法,垂釣等

操作簡(jiǎn)便,耗材及維護(hù)成本低

 

 

Octet® 讓分子互作不再?gòu)?fù)雜!祝愿大家可以用賽多利斯神器發(fā)好文章!


 

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-參考文獻(xiàn)-

 

[1] Glucose-G protein signaling plays a crucial role in tomato resilience to high temperature and elevated CO2 | Plant Physiology | Oxford Academic (oup.com)

[2] Vaccines | Free Full-Text | Dynamic Profiling and Prediction of Antibody Response to SARS-CoV-2 Booster-Inactivated Vaccines by Microsample-Driven Biosensor and Machine Learning (mdpi.com)

[3] Zhang H, et al. Discovery of drug targets based on traditional Chinese medicine microspheres (TCM-MPs) fishing strategy combined with bio-layer interferometry (BLI) technology. Anal Chim Acta. 2024 May 29;1305:342542.

[4] Hepatic glycogenesis antagonizes lipogenesis by blocking S1P via UDPG.Science,2024

 

 

 

 

 

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