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PCR技術(shù)專題:巢式PCR

2013-11-20  閱讀(2129)

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巢式PCR

標(biāo)簽: 巢式 PCR

巢式PCR是一種變異的聚合酶鏈反應(yīng)(PCR),使用兩對(duì)(而非一對(duì))PCR引物擴(kuò)增完整的片段。*對(duì)PCR引物擴(kuò)增片段和普通PCR相似。第二對(duì)引物稱為巢式引物(因?yàn)樗麄冊(cè)?次PCR擴(kuò)增片段的內(nèi)部)結(jié)合在*次PCR產(chǎn)物內(nèi)部,使得第二次PCR擴(kuò)增片段短于*次擴(kuò)增。

實(shí)驗(yàn)方法

  • 基本方案
實(shí)驗(yàn)方法原理

由于巢式PCR反應(yīng)有兩次PCR擴(kuò)增,從而降低了擴(kuò)增多個(gè)靶位點(diǎn)的可能性(因?yàn)榕c兩套引物都互補(bǔ)的引物很少)增加了檢測的敏感性;又有兩對(duì)PCR引物與檢測模板的配對(duì),增加了檢測的可靠性。 由于第二套引物位于*輪PCR產(chǎn)物內(nèi)部,而非目的片斷包含兩套引物結(jié)合位點(diǎn)的可能性極小,因此第二套引物不可能擴(kuò)增非目的片斷。這種巢式PCR擴(kuò)增確保第二輪PCR產(chǎn)物幾乎或者*沒有引物配對(duì)特異性不強(qiáng)造成的非特異性擴(kuò)增的污染。


巢式PCR反應(yīng)模式圖

實(shí)驗(yàn)材料

基因樣品

試劑、試劑盒

PCR緩沖液 Tris·HCl KCl Taq聚合酶

儀器、耗材

PCR儀

實(shí)驗(yàn)步驟

1.  目標(biāo)的DNA模板藍(lán)色的*對(duì)引物結(jié)合。*對(duì)引物也可能結(jié)合到其他具有相似結(jié)合位點(diǎn)的片段上并擴(kuò)增多種產(chǎn)物。但只有一種產(chǎn)物是目的片斷(圖中未顯示可能的多種產(chǎn)物)。


2.  使用圖中紅色標(biāo)記的第二套引物對(duì)*輪PCR擴(kuò)增的產(chǎn)物進(jìn)行第二輪PCR擴(kuò)增。


*輪


1.  大?。?192 bp


2.  初始孵育:94℃4分鐘


3.  變性:94℃45秒


4.  退火:58攝氏度45秒


5.  聚合:72攝氏度45秒


6.  PCR循環(huán):36


第二輪


1.  大?。?71 bp


2.  初始溫育:95℃2分鐘


3.  變性:95℃45秒


4.  退火:60℃下45秒


5.  聚合:72攝氏度30秒


6.  PCR循環(huán):36

收起 
注意事項(xiàng)

1.  引物設(shè)計(jì)原則:每個(gè)特異性引物為24~26個(gè)堿基,Tm:64-65%,GC:44-55% 。這樣你可以同時(shí)做多個(gè)不同的TAIL PCR。


2.  在*輪PCR結(jié)束之后,將PCR產(chǎn)物稀釋1 000倍(視情況而定)作為第二輪PCR的模板,第二輪PCR的產(chǎn)物同樣稀釋1 000倍(視情況而定)作為第三輪PCR的模板,這樣依次類推。實(shí)際操作中可以搞3輪甚至更多,當(dāng)然做3輪是比較合適了,這個(gè)時(shí)候PCR的產(chǎn)物已經(jīng)是高度特異性了。

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其他

1.  圖解

 

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