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David Roy Smith是來自加拿大韋仕敦大學的一位生物學助理教授，近期他在The Scientist雜志上發(fā)文，指出目前涌現(xiàn)了太多線粒體基因組測序論文，2014年GenBank中新增的線粒體基因組序列信息多達上千條，這幾乎比上一年激增了15%。
Smith指出，很少有人會質疑這些線粒體DNA (mtDNA)作為一種遺傳標記的有效性，但是顯而易見，mtDNA測序已經(jīng)成為了通過同行評審發(fā)表論文的一種捷徑。這些關于線粒體基因組的論文的意義何在？mtDNA序列能直接進入GenBank嗎？從線粒體基因組數(shù)據(jù)中我們還能獲得哪些新的觀點，重大的發(fā)現(xiàn)？
線粒體DNA的重要性
1981年*非病毒基因組測序完成，這就是人類線粒體DNA（mtDNA），由此促進了核基因組項目的構建。之后到九十年代初期，科學家們又完成了幾十個其它生物，如陸地植物和原生生物的線粒體DNA測序，這也推動了比較基因組學這一新興領域的出現(xiàn)。
隨著Sanger測序技術的進步，完成整個mtDNA測序更容易，更便宜，因此一大波動物線粒體基因組測序涌現(xiàn)。但故事的轉折點在于大規(guī)模平行測序技術的出現(xiàn)，二代測序平臺上完成單次全基因組DNA測序，就能以高覆蓋率產(chǎn)生了足夠mtDNA讀長，完成完整線粒體基因組或線粒體轉錄組的組裝。
今天，線粒體基因組已經(jīng)成為zui廣泛使用的遺傳標記，一些人還認為線粒體基因cox1可以作為真核生物多樣性分析的通用遺傳條碼?？脊艑W家和法醫(yī)科學家們依靠mtDNA完成他們的工作，因為mtDNA具有單親遺傳模式，高拷貝數(shù)和相對于核DNA的低衰變率。醫(yī)學研究人員利用mtDNA分析，診斷和治療線粒體疾病，后者也正是zui常見的遺傳性疾病，線粒體遺傳學甚至成為了人類生殖技術的一個組成部分。
其中更為重要的是，線粒體能提供一個非常規(guī)基因組的無窮庫，從龐大的不同花系的mtDNA，到令人費解的連鎖mtDNAs，很難想象沒有線粒體研究的分子進化領域。
未來的發(fā)
因此采用先進技術獲取的完整線粒體DNA序列在各大期刊中涌現(xiàn)，然而Smith指出，一些論文解析了基礎問題，但是卻很少有新知，或新觀點，這表明一些研究人員只是希望積累論文，而不是取得科研進展。
這些已測序的mtDNAs中，90%是后生動物，只有大約3%是原生生物，這樣的數(shù)據(jù)分布并沒有反映了真核生物多樣性，而是因為許多真核微生物難以培養(yǎng)，其mtDNAs也復雜，因此要完成測序不容易。不過這種現(xiàn)狀可能很快就會得到改善。
近期海洋微生物真核轉錄組測序項目已經(jīng)啟動，Smith參與了該項目，項目發(fā)布了上百份海洋原生生物的轉錄組數(shù)據(jù)，這將有助于該領域的發(fā)展。宏基因組學也是微生物線粒體研究的一大阻力，目前也有一些新的進展。
進一步考慮，許多真核生物物種也需要其線粒體基因組更詳細的構架，Smith指出，也許熒光將傳統(tǒng)分子生物學技術與全線粒體基因組測序技術結合在一起，未來關于染色體結構、模式修復、復制和表達，以及線粒體系統(tǒng)中的蛋白質組等方面的研究將是熱點，通過這些不同領域的研究，線粒體基因組數(shù)據(jù)將會變得更為強大。