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上海起發(fā)實(shí)驗(yàn)試劑有限公司
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圖解blast驗(yàn)證引物教程
——以文獻(xiàn)報(bào)道的人類的ABCG2的引物為例
1、 進(jìn)入網(wǎng)頁(yè)：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
2、 點(diǎn)擊Basic BLAST中的nucleotide blast選項(xiàng)
3、 完成2操作后就進(jìn)入了Basic Local Alignment Search Tool界面
（1）在Enter Query Sequence欄中輸入引物序列：
注：文獻(xiàn)報(bào)道ABCG2的引物為5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’;
5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’
簡(jiǎn)便的做法是同時(shí)輸入上下游引物。輸入上下游引物系列都從5’— 3’。 輸入上游引物后，加上≥20個(gè)字母n，再輸入下游引物，如下圖：
（2）在Choose Search Set欄中：
Database根據(jù)預(yù)操作基因的種屬定了，本引物可選Human genomic + transcript或Others （nr etc.）。本人傾向于選后者，覺(jué)得此庫(kù)信息更多。如下圖：
（3）在Program Selection中：選擇Somewhat similar sequences （blastn）項(xiàng)，如下圖：
（4）在此界面zui下面：如下圖
Show results in a new window項(xiàng)是顯示界面的形式，可選可不選，在此我們選上了。關(guān)鍵要點(diǎn)擊Algorithm parameters參數(shù)設(shè)置，進(jìn)入?yún)?shù)設(shè)置界面。
4. 參數(shù)設(shè)置：
（1）在General Parameters中：Expect thresshold期望閾值須改為1000，大于1000也可以；在Word size的下拉框?qū)?shù)字改為7。如下圖：
（2）Scoring Parameters無(wú)須修改
（3）Filters and Masking中，一般來(lái)說(shuō)也沒(méi)有必要改
5．點(diǎn)擊zui下面一欄的BLAST按鈕，如圖：
6.點(diǎn)擊BLAST按鈕后，跳轉(zhuǎn)出現(xiàn)如下界面：
7. 等待若干秒之后，自動(dòng)跳轉(zhuǎn)出現(xiàn)顯示BLAST結(jié)果的網(wǎng)頁(yè)。該網(wǎng)頁(yè)用三種形式來(lái)顯示blast的結(jié)果。
（1）圖形格式：
